廣州健康院在干細胞擴展潛能表觀遺傳調控機制方面取得新進展

北京時間4月16日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院姚紅杰研究員課題組在《核酸研究》（Nucleic acids research）上以“突破性研究論文”（Breakthrough Article）形式在線發表了題為YY1 safeguard multidimensional epigenetic landscape associated with extended pluripotency的研究論文。該研究揭示了陰陽因子YY1調控干細胞擴展潛能性的表觀遺傳新機制。

YY1是EPS細胞特性的捍衛者

研究人員繪制了ES細胞和EPS細胞的染色質開放圖譜，發現YY1顯著富集在EPS細胞染色質特異開放區域，暗示其對EPS細胞具有潛在的調控作用。研究人員發現YY1可以通過介導（Enhancer）與啟動子（Promoter）的相互作用維持EPS細胞特異基因的表達，包括Dnmt3l及Epas1等與胎盤發育相關基因。研究人員進一步揭示敲降Yy1使DNA甲基化相關因子DNMT3A，DNMT3B及DNMT3L的表達下調，進而導致EPS細胞的全基因組甲基化水平顯著降低。隨后，研究人員發現DNA甲基化水平的減弱促進了DNA敏感結合蛋白CCCTC結合因子（簡稱CTCF）在這些區域的結合，并使CTCF在組蛋白H3K4me3去甲基化酶5C（Kdm5c）和組蛋白去乙酰酶6（Hdac6）基因上介導的EP相互作用增強，促進Kdm5c和Hdac6的表達，并導致EPS細胞特異基因啟動子區域H3K4me3和H3K27ac的富集水平顯著減弱。同時，研究人員發現敲降Yy1導致EPS細胞的基因表達模式接近于ES細胞，而過表達Yy1使部分EPS細胞特異基因在ES細胞中表達。為了探究YY1是否可以調控EPS細胞的胚外發育潛能，研究人員進一步利用體外胚外細胞分化系統結合單細胞轉錄組測序技術，發現敲降Yy1使EPS細胞向胚外內胚層（Extra-embryonic endoderm，XEN）樣細胞的衍生能力減弱，揭示YY1是EPS細胞維持胚外發育潛能所必需的因子。

YY1調控EPS細胞擴展潛能性的新機制

該研究揭示了YY1在調節表觀遺傳crosstalk中發揮著極其重要的作用，并闡明YY1通過調控DNA甲基化和組蛋白修飾的二維層面和染色質高級結構的三維層面，進而調控EPS細胞的特性和分化潛能。

姚紅杰研究員課題組的董曉濤博士及博士研究生郭蓉為該文章的并列第一作者。姚紅杰研究員為該文章的通訊作者。該研究得到了北京大學鄧宏魁教授和徐君研究員的大力幫助。該研究成果得到了國家重點研發計劃、國家杰出青年科學基金、國家自然科學基金聯合基金重點項目和中國科學院戰略性先導科技專項等項目的資助。