自身免疫性疾病（Autoimmune Disease，AID）其總體發病率約占全世界人口的3%~5%，其中美國高達5%~8%，我國也大約有4千萬人口罹患此病。
MSCs具有向損傷部位遷移、向功能細胞分化、分泌生長因子和抗炎因子的免疫調節能力，維持或重塑其細胞功能。
MSCs通過細胞間直接作用、旁分泌等與免疫細胞相互作用，可抑制T細胞增殖、調節Th2/Th1細胞比例，并抑制細胞增殖和產生抗體等。 此外，MSCs還會影響自然殺傷細胞(NKC)和樹突狀細胞的細胞激活和成熟過程，調控調節性T細胞功能而產生免疫抑制作用。
系統性紅斑狼瘡(SLE) 有研究者發現異源同種MSCs可抑制SLE患者T細胞的增殖，并抑制蛋白激酶或糖原合成酶激酶信號通路介導的G1期或S期的轉化。 2018年，南京鼓樓醫院對81名接受異體間充質干細胞治療重度難治性系統性紅斑狼瘡（SLE）患者，進行了平均長達5年的隨訪研究，發現接受干細胞治療的患者5年總生存率高達84%。 截止目前，南京鼓樓醫院風濕免疫科已完成近1000多例干細胞治療紅斑狼瘡等自身免疫疾病，國際上遙遙領先。 類風濕性關節炎(RA) 在2020年，國內首個用于類風濕關節炎臨床試驗的治療用干細胞產品獲批。 強直性脊柱炎(AS) 2020年，一份臨床研究中選取中山大學孫逸仙紀念醫院2016年2月至2019年1月收治的40例強直性脊柱炎患者，隨機分為對照組和觀察組各20例。對照組采用免疫及生物制劑治療，觀察組采用臍帶間充質干細胞移植治療，對比兩組的臨床治療效果，可觀察組治療總有效率高于對照組（P 治療后，觀察組的血沉、細胞間黏附分子、血清 TNF-α水平均低于對照組（P表明臍帶間充質干細胞移植治療強直性脊柱炎患者的效果顯著。干細胞組的免疫指標明顯降低，且患者疼痛程度緩解，活動指數評分下降，均優于觀察組。 炎癥性腸病 (IBD) 利用肪干細胞治療克羅恩病合并肛瘺的前瞻性實驗。利用手術結合自體脂肪干細胞局部注射的方式成功修復瘺管，另外瘺管的外口不完全閉合、分泌物減少，修復成功率達75％。
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