對這類疾病的治療，通常以抗體、免疫抑制劑及皮質激素等為主要手段，但目前的治療方式往往達不到臨床預期效果，且還可能使患者出現嚴重感染、股骨頭壞死等不良反應或后遺癥。目前科研人員正在嘗試使用間充質干細胞治療自身免疫性疾病。
間充質干細胞是一種具有自我更新和多向分化潛能的成體干細胞，它不僅可以分化成各種功能細胞直接修復受損的組織器官，還具有優秀的抗炎和雙向免疫調節功能。來源于臍帶、胎盤、羊水等圍產期組織的間充質干細胞，與成人組織來源相比，具有獲取無痛苦、感染風險較低等優勢，是治療自身免疫性疾病的理想細胞來源之一。
干細胞與再生醫學研究中心研發團隊的研究顯示，在過去十多年里越來越多的證據證明，圍產期間充質干細胞主要通過釋放多種細胞因子抑制過度激活的B淋巴細胞和T淋巴細胞，降低Th1/Th2、Th17/Treg和M1/M2比例，或者降低血清或者目標組織的促炎因子水平，同時提高抗炎因子水平。不僅如此，圍產期間充質干細胞還能促進移植細胞的存活，并促進病損組織的血管再生。
動物實驗表明，MSCs對SLE小鼠腎臟間質性改變、蛋白管型的沉積及ＣＤ３+淋巴細 胞的浸潤有抑制作用，同時可以顯著減少SLE小鼠血清ＴＮＦ-α、ＩＬ-６的水平，對小鼠SLE有治療作用。
國內一項臨床研究顯示，對40例活動性難治性SLE患者應用異基因MSCs治療，無移植相關不良事件的發生，１年的隨訪過程中60％患者有臨床癥狀的改善， SLEDAI評分在3、6、9及12個月的隨訪中明顯下降， 狼瘡腎炎患者24h蛋白尿水平明顯下降，血肌酐和尿素氮水平在第6個月時達到最低值。
另外，還有研究表明，MSCs的輸注可減少SLE患者狼瘡腎炎、彌漫性肺泡出血及難治性血細胞減少的發生。
臨床研究表明，在165例對傳統抗風濕藥物 （DMARDs）治療無效的活動性RA患者中，靜脈注射人臍帶血來源的間充質干細胞（hUC-MSCs） 加DMARDs藥物較單獨靜脈注射DMARDs藥物更能有效降低RA患者關節炎癥狀，降低血清CCP抗體及類風濕因子（ＲＦ）水平，說明異基因MSCs的應用可能為活動性RA患者提供一種安全且有效的臨床治療途徑。
I型糖尿病（T1DM）是一種早發性糖尿病，通常是由于患者體內的胰島β細胞被自身免疫系統破壞，胰島素產生不足，營養物質代謝發生異常而發生的一種 AIDs。
發布在Archives of Endocrinology and Metabolism的一項前瞻性臨床試驗中1組新近發病的 T1DM 患者接受了為期 6 個月的同種異體 ADMSCs和膽鈣化醇的聯合治療研究。
結果發現，治療組患者的空腹C肽含量與糖化血紅蛋白水平明顯低于基線水平，并提示這種聯合治療對新近發病的T1DM患者的β細胞有保護作用。
臨床研究顯示，研究人員對另外４例患有重癥難治性SSc患者應用異基因MSCs治療，其中２例患者皮膚癥狀3周后有所改善。另外兩例6周后得到改善。
一項hUC-MSCs治療MS的臨床對照研究顯示，13例應用異基因hUC-MSCs與糖皮質激素聯合治療的MS患者與另外10例單獨應用糖皮質激素治療的ＭＳ患者相比，異基因hUC-MSCs與糖皮質激素聯合治療MS患者的EDSS評分及復發率明顯降低。由此可見，異基因MSCs可能成為治療MS的一種有效手段。
實驗研究表明，hUC-MSCs可體外修復ＭＳ患者受損的Treg細胞的免疫調節功能。?許多研究證實了hUC-MSCs在ＭＳ治療中的安全性及有效性 。
迄今為止，在NIH的ClinicalTrials.gov注冊的干細胞治療與自身免疫性疾病的相關研究已有多項，相信隨著科學家的不斷深入探索，干細胞終將造福自身免疫性疾病患者。隨著研究和應用的進展，間充質干細胞在自身免疫性疾病方面的療效逐漸凸顯。干細胞療法勢必成為助力自身免疫性疾病康復的全新治療方法。
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