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1、替代與修復受損和死亡細胞

干細胞具有自動歸巢特性，注入人體后，可聚集到受損器官及相應的部位，并分化為這些器官和部位的特異性細胞。

在目標組織微環境作用下，可分化為新的細胞與組織，修復受損組織。

通過干細胞自身分化功能來生長出新組織細胞，彌補組織細胞的衰老、死亡、損傷，使得病變的組織與細胞恢復健康，并參與新生血管修復，改善損傷組織微循環。

2、激活休眠和處于抑制狀態的細胞

干細胞作為年幼新生細胞，給脫離細胞周期的成年細胞帶來了青春訊息。受到干細胞刺激的休眠細胞和抑制狀態細胞活化起來，重新進入細胞周期，通過分裂增殖，增加體內新生細胞數量，有助于人體新陳代謝進程恢復正常。

3、旁分泌作用

干細胞注入目標組織后，可通過分泌各種蛋白質、酶與多種因子（如神經營養因子、抗凋亡因子等各種生長因子、細胞因子）及調節肽和氣體信號分子等多種生物活性因子，作用于周圍細胞，發揮旁分泌作用。

促進細胞增殖，抑制功能細胞凋亡，使現有組織祖細胞分化，修復受損組織并生長新組織。

4、免疫調控機制

人體免疫性疾病是由于自身免疫細胞產生“誤判”，攻擊自身重要細胞、組織及器官的結果。干細胞本身不引起免疫類細胞活化，但可抑制自然殺傷細胞增殖，通過細胞間接觸和可溶性因子的分泌發揮免疫抑制功能。

干細胞具有明顯免疫抑制活性，通過多分子參與、多途徑調控及旁分泌作用，并與機體炎癥微環境相互作用，對機體免疫反應進行動態調控。

5、促進細胞間信號傳導恢復

信號傳導是一個重要基本生命現象。從最簡單的單細胞生命體，到最高級人類自身，各類細胞時刻都與胞外環境或其他細胞發生聯系，進行著信息傳導與交流，使生命體與體外環境及生命體本身維持平衡。

同時，信號傳導還調控著許多生命過程，比如，細胞增殖與細胞周期、細胞遷移、細胞形態與功能分化及維持、免疫、應激、細胞惡變及細胞凋謝等等。

干細胞分泌的蛋白質、酶、生物活性因子等，可以幫助修復、增強細胞間信號傳導通路。如間充質干細胞分泌連接蛋白幫助細胞間連接、促進離子通道開放等，使細胞間信號傳導通路暢通，信號傳遞及時準確，構建健康、穩固的信號傳輸網絡，抑制因信號傳遞錯誤導致的疾病。

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